李洪林

国家杰出青年科学基金获得者

科技部中青年科技创新领军人才

兼任：临港实验室副主任、人工智能新药创智中心主任、上海市新药设计重点实验室主任

个人简介

李洪林，华东师范大学药学院院长、临港实验室副主任，人工智能新药创智中心主任，上海市新药设计重点实验室主任，国家杰出青年科学基金获得者（延续），国家科技领军人才，国务院政府特殊津贴专家。长期从事药物靶标识别和药物发现的计算方法及其应用的研究。已在STTT、PNAS、Adv Sci.、Nat Commun.、Nucl. Acids Res.和J. Med. Chem.等期刊上发表论文发表SCI论文200余篇，SCI论文他引8000余次，已申请发明专利135项（获授权专利60余项），PCT专利32项，软件版权15项，转让临床前药物6个（5个1类新药，1个2类新药），3个进入临床研究。曾获教育部自然科学一等奖，第十三届中国青年科技奖等。

获得荣誉及奖励：

教育部自然科学一等奖（2020，排名第一）

河南省科技进步二等奖（2019，排名第二）

第十三届中国青年科技奖（2013）

上海市五四青年奖章（团队）（2020）

国家杰出青年科学基金及延续资助（2018/2024）

科技部创新人才推进计划“中青年科技创新领军人才”（2015）

国家自然科学基金委优秀青年科学基金（2012）

第十四届霍英东基金（2013）

上海市五四青年奖章（2013）

上海市教委“曙光计划”（2013）

上海市“青年科技启明星计划”跟踪（2013）

教育部“新世纪优秀人才支持计划”（2010）

上海市“青年科技启明星计划”（2010）

研究方向：

团队主要进行靶标识别和药物发现的AI与药物设计方法及其应用的交叉科学研究。

针对药物研发的上游中存在的科学问题及难点问题，实验室主要从事药物设计、计算生物学及生物信息学等方面研究，重点开展靶标识别及药物发现相关基础研究工作。本实验室以方法的发展为主线，通过发展方法促进药物发现，以药物发现带动方法发展，验证方法的可靠性和实用性，建立靶标--药物发现一体化研究技术平台。

团队成员来自不同的学科，从事理论、计算、实验相结合的交叉学科研究。团队包括计算药物化学组、合成药物化学组、分子/结构生物学组。通过本团队组内及与其他实验室合作，加强与分子/细胞/结构生物学、药理学、计算机科学等多学科交叉融合，并综合利用上述各种技术，团队各小组协作加快研究速度，发现具有体内/外活性的候选药物，进而完成化合物药理学评价及作用机制的功能确证。

学术成果：

部分代表论文：

1. Kai Zhang, Junchen Shen, Gaoqi He, Yu Sun, Haibin Ling, Hongyuan Zha,Honglin Li*, Jie Zhang*. A Transformative Topological Representation for Link Modeling, Prediction and Cross-Domain Network Analysis. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2024. DOI: 10.1109/TPAMI.2024.3378729

2. Yanyan Diao, Dandan Liu, Huan Ge, Rongrong Zhang, Kexin Jiang, Runhui Bao, Xiaoqian Zhu, Hongjie Bi, Wenjie Liao, Ziqi Chen, Kai Zhang, Rui Wang, Lili Zhu, Zhenjiang Zhao, Qiaoyu Hu,Honglin Li*. Macrocyclization of linear molecules by deep learning to facilitate macrocyclic drug candidates discovery. Nat. Commun., 2023. 14 : 4552

3. Fang Bai, Shiliang Li,Honglin Li*. AI Enhances Drug Discovery and Development. Natl. Sci. Rev., 2023. 11(3) : nwad303

4. Thian-Sze Wong, Guangzhi Li, Shiliang Li, Wei Gao, Geng Chen, Shiyi Gan, Manzhan Zhang,Honglin Li*, Song Wu*, Yang Du*. G protein-coupled receptors in neurodegenerative diseases and psychiatric disorders. Signal Transduction Targeted Ther., 2023. 8 : 177

5. Mingkun Lu, Jiayi Yin, Qi Zhu, Gaole Lin, Minjie Mou, Fuyao Liu, Ziqi Pan, Nanxin You, Xichen Lian, Fengcheng Li, Hongning Zhang, Lingyan Zheng, Wei Zhang, Hanyu Zhang, Zihao Shen, Zhen Gu,Honglin Li*, Feng Zhu*. Artificial Intelligence in Pharmaceutical Sciences. Engineering, 2023. 61

6. Yanyan Diao, Feng Hu, Zihao Shen,Honglin Li*. MacFrag: segmenting large-scale molecules to obtain diverse fragments with high qualities.Bioinformatics, 2023. 39(1) : btad012

7. Shun Liu, Jianchao Zhou, Ziyan Feng, Jiawen Zhang, Shuang Li, Zilong Jin, Chenfei Zhang, Shiliang Li, Gaoqi He*,Honglin Li* VRPharmer: Bringing Virtual Reality into Pharmacophore-based Virtual Screening with Interactive Exploration and Realistic Visualization.Bioinformatics, 2022. 38(21) : 4953-4955

8. Jie Wang, Zihao Shen, Yichen Liao, Zhen Yuan, Shiliang Li, Gaoqi He, Man Lan, Xuhong Qian, Kai Zhang*,Honglin Li*. Multi-modal chemical information reconstruction from images and texts for exploring the near-drug space.Briefings Bioinf., 2022. 23(6) : bbac461

9. Hanyu Zhang, Yunxia Wang, Ziqi Pan, Xiuna Sun, Minjie Mou, Bing Zhang, Zhaorong Li,Honglin Li*, Feng Zhu*. ncRNAInter: a novel strategy based on graph neural network to discover interactions between lncRNA and miRNA.Briefings Bioinf., 2022. 23(6) : bbac411

10. Minghui Tang, Xin Duan, Anqi Yang, Shijie He, Yajing Zhou, Yuxin Liu, Lu Zhang, Xuan Luo, Peng Shi*,Honglin Li*, Xudong Lin*. Fish Capsules: A System for High-Throughput Screening of Combinatorial Drugs.Adv. Sci., 2022. 9(9) : 2104449

11. Rui Xiong, Leike Zhang, Shiliang Li, Yuan Sun, Minyi Ding, Yong Wang, Yongliang Zhao, Yan Wu, Weijuan Shang, Xiaming Jiang, Jiwei Shan, Zihao Shen, Yi Tong, Liuxin Xu, Yu Chen, Yingle Liu, Gang Zou, Dimitri Lavillete, Zhenjiang Zhao, Rui Wang, Lili Zhu, Gengfu Xiao, Ke Lan,Honglin Li*, Ke Xu*. Novel and potent inhibitors targeting DHODH are broad-spectrum antivirals against RNA viruses including newly-emerged coronavirus SARS-CoV-2.Protein & Cell, 2020. 11 : 723–739

12. Shiliang Li, Chun Qin, Shichao Cui, Hongling Xu, Fangshu Wu, Jiawei Wang, Mingbo Su, Xiaoyu Fang, Dan Li, Qian Jiao, Ming Zhang, Chunmei Xia, Lili Zhu, Rui Wang, Jia Li, Hualiang Jiang, Zhenjiang Zhao, Jing-Ya Li,Honglin Li*. Discovery of a Natural-Product-Derived Preclinical Candidate for Once-Weekly Treatment of Type 2 Diabetes.J. Med. Chem., 2019. 62(5) : 2348-2361

13. Gaoqi He, Yiping Song, Wenhao Wei, Xia Wang, Xingjian Lu*,Honglin Li*. eSHAFTS: Integrated and graphical drug design software based on 3D molecular similarity.J. Comput. Chem., 2019. 40 : 826-838

14. Fang Bai, Kangdong Liu, Huiliang Li, Jiawei Wang, Junsheng Zhu, Pei Hao, Lili Zhu, Shoude Zhang, Lei Shan, Weiya Ma Ann M. Bode, Weidong Zhang*,Honglin Li*, Zigang Dong*. Veratramine modulates AP-1-dependent gene transcription by directly binding to programmable DNA.Nucleic Acids Res., 2018. 46(2) : 546-55

15. Xia Wang, Yihang Shen, Shiwei Wang, Shiliang Li, Weilin Zhang, Xiaofeng Liu, Luhua Lai, Jianfeng Pei*,Honglin Li*. PharmMapper 2017 update: a web server for potential drug target identification with a comprehensive target pharmacophore database.Nucleic Acids Res., 2017. 45 : W356-W360

16. Fang Bai, Yechun Xu, Jing Chen, Qiufeng Liu, Junfeng Gu, Xicheng Wang, Jianpeng Ma,Honglin Li*, José N. Onuchic*, and Hualiang Jiang*. Free energy landscape for binding process of Huperzine A to acetylcholinesterase.PNAS. 2013, 110(11) : 4273-4278.

17. Xiaofeng Liu, Hualiang Jiang,Honglin Li*.SHAFTS: A Hybrid Approach for 3D Molecular Similarity Calculation. 1. Method and Assessment of Virtual Screening.J. Chem. Inf. Model.,2011,51 (9), 2372–2385.

18. Li Liu, Xiaofeng Liu, Jiayu Gong, Hualiang Jiang, andHonglin Li*. Accelerating All-Atom Normal Mode Analysis with Graphics Processing Unit.J. Chem. Theory Comput.,2011,7 (6), 1595-1603.

19. Xiaofeng Liu, Sisheng Ouyang, Biao Yu, Yabo Liu, Kai Huang, Jiayu Gong, Siyuan Zheng, Zhihua Li,Honglin Li*, Hualiang Jiang.PharmMapper server: a web server for potential drug target identification using pharmacophore mapping approach. Nucl. Acids Res. 2010,38: W609–W614.

20. Honglin Li, Zhenting. Gao, Ling, Kang, Hailei Zhang, Kun Yang, Xiaomin Luo, Kaixian Chen, Jianhua Shen, Xicheng Wang* & Hualiang Jiang*. TarFisDock: a web server for identifying drug targets with docking approach.Nucl. Acids Res. 2006, 34: W219-W224.

科研项目：作为课题负责人，先后承担国家及省部级重点项目10余项。部分科研项目包括：

1. 2024.5-2028.12，“AI药物设计方法与新药研究”，国家杰出青年科学基金延续项目，项目编号：82425104

2. 2022.1-2024.12，“可同时靶向宿主和病毒的抗新冠病毒先导化合物的发现及作用机制研究”，自然基金委原创探索计划项目，项目编号：82150208

3. 2020.7-2023.6，“微流控药物筛选芯片设计与评价”，“超限制造”上海市市级科技重大专项子课题

4. 2016.7-2021.6，“蛋白质机器与配体多重对映关系预测技术”，国家重点研发计划课题，课题编号：2016YFA0502304